Do tada je on već obavljao dužnosti prvog timskog direktora i menadžera. Pod njegovim predsjedništvom Real je obnovljen te je doživio uzlet, popravljaju se trening kampovi i dotadašnji stadion, koji su bili srušeni za vrijeme Španjolskog građanskog rata.
Bio je inicijator i osnivač, na zamolbu novinara francuskog športskog lista, (zajedno s još Bedrignanom i Gusztavom Sebesom) egzibicijskog turnira europskih klubova koji je prerastao u današnju Ligu prvaka.
Bernabeuova je zasluga što se Real učvrstio kao najjači klub u Španjolskoj i Europi. Klub je osvajao Ligu prvaka od 1956. do 1960. Za vrijeme '70-tih klub je pet puta osvajao domaće prvenstvo i tri puta nacionalni kup.
Bernabéu je umro 2. lipnja 1978. za vrijeme svjetskog prvenstva u Argentini. Već sljedeće godine održalo je se prvo natjecanje njemu u čast pod nazivom Kup Santiago Bernabéua koje se igra i dan danas. On je u Realu proveo 70 godina na svim dužnostima osim trenera.
Za vrijeme njegovog predsjedanja Real je osvojio 29 trofeja što je rekord za nekog predsjednika. Redom su osvajali 16 naslova prvaka Španjolske, 6 naslova Kupa kralja, 6 naslova pobjednika Kupa prvaka te jedan Interkontinentalni kup.
